La Sección Nacional es el órgano establecido por cada Estado Miembro para el cumplimiento de los fines del IPGH en el ámbito nacional, contando para ello con el apoyo financiero de su gobierno.

Integran la Sección Nacional, las personas nombradas por los gobiernos de los Estados Miembros como representantes ante los distintos órganos del IPGH. Las 21 Secciones Nacionales del IPGH son: Argentina, Belice, Bolivia, Brasil, Chile, Colombia, Costa Rica, Ecuador, El Salvador, Estados Unidos, Guatemala, Haití, Honduras, México, Nicaragua, Panamá, Paraguay, Perú, República Dominicana, Uruguay y Venezuela.

El Director del Instituto Geográfico Militar es el Presidente de la Sección Nacional de Chile del IPGH, la cual posee la siguiente orgánica:

Funciones de la Sección Nacional

Representar y presidir la Sección Nacional de Chile del IPGH, representado al Estado ante dicho organismo internacional.

Colaborar con las coordinaciones de las comisiones, comités y grupos de trabajos nacionales.

Ejecutar o disponer la ejecución y cumplimiento de las resoluciones del Consejo Directivo, Asambleas Generales y Reuniones de Consultas del IPGH.

Tramitar la documentación de la Sección Nacional.

Difundir y apoyar los estudios o iniciativas del IPGH en el país.

Coordinar y elaborar el Informe Anual de Actividades de la Sección Nacional, incluyendo los logros sobresalientes en el país en materias de interés del IPGH.

Tener un archivo con todos los antecedentes, resoluciones, actos y otros relativos al IPGH y a las reuniones a las que se asista, como asimismo la información relativa a los proyectos nacionales.

Dar cumplimiento al Estatuto Orgánico del IPGH.